Owczarek niemiecki jest wytrzymałym i silnym zwierzęciem. Jednakże, podobnie jak wszystkie inne rasy psów, ten pasterz jest podatny na różne choroby. Najczęstsze w tych zwierzętach są zaburzenia przewodu pokarmowego, oczu, uszu i zaburzenia mięśniowo-szkieletowe.
U chorego psa wełna jest matowa, opadająca z ogólnego wyglądu, przygnębiona. Pies ciągle leży, nie odpowiada na wezwanie właściciela.
Jeśli Twój owczarek niemiecki często ma wzdęcie brzucha, powinieneś wybrać karmę dla zwierząt wysokiej jakości i nie przekarmiać jej. Przy niewłaściwym karmieniu, obecność robaków, niektóre choroby zakaźne u psa mogą powodować zapalenie żołądka. Przy długotrwałym nieprawidłowym funkcjonowaniu żołądka praca jelita jest również zakłócona.
Choroby skóry u psa mogą być spowodowane przez bakterie, grzyby i pasożyty.
Pojawienie się świądu u owczarka niemieckiego pod nieobecność pcheł może być objawem takich chorób skóry jak ropne zapalenie skóry , pododermatitis, łojotok, furunculosis. Czasami zapalenie skóry może występować jako współwystępująca choroba na tle zmian w narządach wewnętrznych zwierzęcia.
Owczarek niemiecki jest podatny na taką chorobę jak alergia atopowa, która może wystąpić u szczeniąt w wieku jednego roku. Psy mają swędzenie, drapanie, a nawet mokry wyprysk. Często na tle takiej alergii szczenięta cierpią na biegunkę.
Młodzi owczarki niemieccy czasem cierpią z powodu porażki kości ramiennej, której towarzyszy słaba lub nawet ciężka kulawość. Kolejny poważny problem owczarków niemieckich - porażenie kończyn tylnych, co często zdarza się u sześcio-lub siedmioletnich mężczyzn. Po pierwsze, pies nie chce skakać przez przeszkody, trudno jej chodzić po schodach. Gdy choroba postępuje, zostaje dotknięty ogon, a następnie zaczynają się kończyny tylne, nietrzymanie moczu i kał. Jeśli choroba jest nieuleczalna, zwierzę poddaje się eutanazji.
Z wiekiem owczarek niemiecki może mieć problemy z układem sercowo-naczyniowym, więc psy w ciągu siedmiu lat w celu zapobiegania powinny regularnie odwiedzać weterynarza.